قسم الكيمياء الصيدلية يحتوى على ثلاث تخصصات: الكيمياء الدوائية و الكيمياء العضوية الصيدلية والكيمياء التحليلية الصيدلية.

الكيمياء الدوائية

الكيمياء الصيدلية أو الدوائية هي مجال متداخل يجمع بين الكيمياء العضوية الاصطناعية والصيدلة وعلم الأحياء الدقيقة والكيمياء الحيوية والكيمياء الفيزيائية والحاسوبية. وهي تهتم بعملية اكتشاف العقاقير وتطويرها بدءاً من تحديد الهدف وإيجاد المركب الرئيسي واستكشاف العلاقة بين البنية والنشاط لتحسين المركب الرئيسي باستخدام تقنيات مختلفة مثل الفحص في السيليكو والتحقق من الإنتاجية العالية وكذلك تصميم الأدوية ومعرفة فاعليتها و المقارنة بينها عن طريق استخدام الحاسوب. أيضا فإنه ينطوي على دراسة الخصائص الدوائية/الصيدلانية المتعلقة للعوامل النشطة الصيدلانية المختلفة واستراتيجياتها التركيبية والعلاقة بين النشاط والبنية الخاصة بهذه الأدوية.

الكيمياء العضوية الصيدلية

يصف المقرر مبادئ و أساسيات الكيمياء العضوية للمركبات الأليفاتية والعطرية البسيطة بما في ذلك: التركيب والترابط ، التصنيف والتسمية ، التركيب والتفاعل ، التفاعلات والخصائص ، الرنين والاستقرار ، آلية التفاعلات العضوية والوسائط ، مفاهيم الحموضة والأساسية للجزيئات العضوية ، والعطرية واستقرار المركبات العطرية و كذلك الكيمياء الحلقية غير المتجانسة والكيمياء الفراغية.  و أيضا الطرق المختلفة للتعرف على التركيب البنائي للمركبات العضوية مثل استخدام الرنين النووي المغناطيسي و الأشعة تحت الحمراء والأشعة فوق البنفسجية و أيضا جهاز الوزن الذرى للتعرف على الكتلة.

الكيمياء التحليلية الصيدلية

الكيمياء التحليلية هي فرع الكيمياء الذي يتعامل مع تعريف وتحديد تركيز الدواء في أشكال دوائية مختلفة وكذلك في السوائل البيولوجية مثل البلازما والمصل والبول، ويتعامل أيضاً مع تحليل العقاقير والعناصر في العينات البيئية. وتعد الكيمياء التحليلية العمود الفقري للصناعة الدوائية لأنه يساعد وحدات مراقبة الجودة في تحليل المواد الخام والمنتجات الوسيطة وأشكال الدواء النهائي للتأكد من أن المنتج آمن وفعال.

تشمل الطرق الكيميائية المستخدمة في التحليل: التحليل بالمعايرة (تفاعلات القاعدة الحمضية أو تفاعلات التعقيد) و التحليل الكهروكيميائية (تفاعلات الأكسدة والاختزال ، قياس الجهد ، وقياس الأداء) وأخيراً التحليل الآلي باستخدام الطيف والتحليل الكروماتوجرافي.